El tipo de mixtura más extendida en esta ecorregión corresponde a la de diversas especies de encinos interspersos con al menos 7 especies distintas de pinos, los cuales prosperan en suelos secos o seco-mésicos y bajo un régimen climático templado sub-húmedo con lluvias en verano (Cwa). Altitudinalmente, ocupan una franja más o menos intermedia entre los bosques mesófilos de montaña y aquellos de alta montaña predominantemente de coníferas. Entre la mixtura de encinas y pinos se encuentran dispersos ejemplares de madroño americano (Arbutus xalapensis), capulín (Prunus serotina), alisos (Alnus esp.) y de algunas especies arbóreas tropicales.

La ecorregión está dominada por un rico conjunto de pinos, (Pinus esp.) y robles (Quercus esp.), y marca el límite sur de la influencia florística boreal neoártica en el Nuevo Mundo. Los bosques de pino-encino se encuentran en rangos altitudinales que varían de 600 a 1,800 m sobre el nivel del mar. Estos bosques mixtos de pino y encino se encuentran entre coníferas y bosques de hoja ancha. Las especies dominantes de estos bosques mixtos incluyen a los pinos, los encinos, el palofierro (Ostrya virginiana). y a los alisos o ailes (Alnus esp.).

Las especies comunes de árboles en la Sierra Madre de Chiapas son el encino de Acatenango (Quercus acatenangensis), el acalocote (Pinus chiapensis) y el ayacahuite (Pinus ayacahauite). Mientras que los pinos se encuentran en elevaciones más altas, hay varias especies de encinos en formaciones mixtas sin pinos que se encuentran en altitudes más bajas; incluyen al encino blanco (Quercus corrugata), encino de Skinner (Q. skinneri), encino barcino (Q. oleoides), encino de asta (Q. candicans), encino de Acatenango (Q. acatenangensis), Q. brachystachys, encino avellano (Q. peduncularis), encino roble (Q. polymorpha) y encino colorado (Q. conspersa). La Sierra de Chiapas se considera un área de distribución de pinos mexicanos; algunas de estas especies incluyen al acalocote (Pinus chiapensis), pino de Tecún Umán (P. tecunumanii), ayacahuite (P. ayacahuite), pino de Apulco (Pinus apulcensis), pino chamaite (Pinus montezumae) y pino candelillo (P. maximinoi). Los líquenes y el musgo también son comunes en esta región; Las epífitas vasculares son escasas y, de acuerdo a Rzedowsky, probablemente ello es debido a la toxicidad del pino y el encino.

En elevaciones más altas de Guatemala, los bosques de coníferas incluyen  a pinos (Pinus esp.), abeto guatemalteco (Abies guatemalensis), cedro blanco (Cupressus lusitanica) y sabino o ahuehuete (Taxodium mucronatum). Una gran parte de los bosques de pino-encino en el centro y oeste de Honduras contiene especies predominantes de pino ocote (Pinus oocarpa) y diversos encinos (Quercus esp.) en elevaciones más bajas, y de pino lacio (Pinus pseudostrobus) y liquidámbar (Liquidambar styraciflua) en elevaciones más altas. En el área de Olancho en Honduras, los árboles alcanzan una estatura excepcionalmente grande, creando un bosque especialmente majestuoso. Los bosques de pino en Nueva Segovia, en Nicaragua, se encuentran a 400-700 msnm; estos bosques incluyen pino ocote (Pinus oocarpa), pino candelillo (P. maximinoi) y pino de Tecún Umán (P. tecunumanii). Los bosques de pino-encino en El Salvador han sido casi completamente despejados. Algunos de los bosques restantes incluyen encinos (Quercus esp.) y pino ocote (Pinus oocarpa) con otras especies como cedro rojo (Cedrella mexicana), Clethra vulcanicola, tatascán (Perymeníum grande) y Nectandra sinuata.

A lo largo de las zonas riparias de la región, tanto en los bosques mixtos de pino-encino, como en encinares y en bosques mesófilos de montaña, se pueden hallar árboles como aliso (Alnus acuminata), sicómoro mexicano (Platanus mexicana), ahuehuete (Taxodium mucronatum) y palofierro (Ostrya virginiana). Por otra parte, esta ecorregión es rica en fauna. Hay aproximadamente 141-160 mamíferos presentes en la Sierra de Chiapas. Algunos de los mamíferos de rango restringido en esta y otras ecorregiones de Mesoamérica incluyen el cacomistle (Bassariscus sumichrasti), murciélagos (Balantiopteryx io, Molossus aztecus, Macrotus waterhousii, Glossophaga leachii, Hylonycteris underwoodi, Carollia subrufa, Dermanura azteca, Dermanura tolteca y Bauerus dubiaquercus) , zarigüeya-ratón mexicano, (Marmosa mexicana), roedores (Liomys pictus, Microtus guatemalensis, Ototylomys phyllotis, Peromyscus aztecus, Reithrodontomys sumichrasti y Scotinomys teguina).

Entre algunos de los mamíferos amenazados que se encuentran en esta ecorregión se encuentran el jaguar (Panthera onca), el puma (Felis concolor), el ocelote (Leopardus pardalis), el tapir (Tapirus bairdii), el gran grisón (Galictis vittata), el taira (Eira barbara), el Mono araña americano (Ateles geoffroyi) y mono aullador de capa (Alouatta palliata). Algunas especies de las herpetofauna incluyen a Masticophis mentovarius, Bolitoglossa celaque, Plectrohyla psiloderma. Se ha calculado que hay aproximadamente 16 especies de anfibios endémicos y 24 especies de reptiles endémicos tan sólo en la Sierra de Chiapas.

Las tierras altas del norte de Centroamérica son consideradas áreas de aves endémicas, y estos bosques son el lugar de invernada de muchas currucas migratorias, (familia Parulidae), del reino Neártico. Entre estos se encuentran la curruca de mejillas doradas (Dendroica chrysoparia) y la tangara de tanga azul (Tangara cabanisi). Las aves de rango restringido en esta ecorregión incluyen al búho de Santa Bárbara (Otus barbarus), el papamoscas con cinturón (Xenotriccus callizonus), el carricero de cabeza rosada (Ergaticus versicolor) y el guacamayo de capucha negra (Carduelis atriceps) clasificados como casi amenazados.

Otras aves restringidas incluyen la codorniz ocelada (Cyrtonyx ocellatus), lechuza (Strix fulvescens), gema de montaña de garganta verde (Lampornis sybillae), colibrí garganta de vino (Atthis ellioti), motmot de garganta azul (Aspatha gularis), golondrina tapada negra (Notiochelidon pileata), guacamayo de ceja roja (Troglodytes rufociliatus), sinsonte azul y blanco (Melanotis hypoleucus), petirrojo de cuello rufo (Turdus rufitorques), oropéndola barrada (Icterus maculialatus), y arrendajo de cresta espesa (Cyanocorax melanocyaneus).